A Febre Amarela geralmente inicia com sintomatologia inespecífica, que pode ser confundida com diversas outras condições, incluindo estados gripais e outras infecções por Flavivirus, como Dengue. Após o período de 3 a 6 dias de incubação, a doença inicia com uma fase virêmica e síndrome gripal. Em casos leves nenhum sintoma adicional aparece, por isso a febre amarela muitas vezes não é diagnosticada e tratada, se resolvendo de forma espontânea. Os antígenos virais induzem à necrose programada de células do fígado iniciado por linfócitos T- e B- (apoptose dos hepatócitos) pela ativação de receptores FAS. A menor taxa de mortalidade é observada em crianças e adolescentes, com idade abaixo de 14 anos, e a taxa mais alta ocorre em adultos de 20 a 30 anos (até 50%).