As úlceras genitais apresentam uma gama de etiologias infecciosas ou não e, nem sempre é possível a diferenciação através do exame clínico. As causas mais comuns por infecção incluem Herpes simplex, Sífilis (Treponema pallidum), Cancroide (Haemophilus ducreyi), Granuloma inguinal (Donovanose), Linfogranuloma venéreo (Chlamydia trachomatis serotipos L1, L2, L3), Fungos (Candida) e infecções bacterianas secundárias. O painel molecular para úlceras genitais tem utilidade na diferenciação etiológica, principalmente nos casos em que as lesões clínicas se apresentam com pouca diferenciação.